В письме специалисты ведомства указали:
возможность исполнения контракта зачетом встречного однородного требования, предусмотренная статьей 410 ГК РФ, Законом №44-ФЗ не установлена;
если решением суда установлена обоснованность принятия заказчиком бюджетных и денежных обязательств в объеме выполненных работ, с одной стороны, и обоснованность встречных требований подрядчика по уплате неустойки за нарушение обязательств по контракту, с другой стороны, то обязательства перед подрядчиком по оплате будут считаться исполненными при условии поступления в доход бюджета неустойки в сумме произведенного удержания;
порядок исполнения бюджета по доходам предусматривает зачисление средств на единый счет бюджета;
суммы штрафов, которые должны быть уплачены в случае неисполнения обязательств перед федеральным госорганом, подлежат зачислению в бюджет по нормативу 100%.

Документ: письмо Минфина России от 06.07.2023 № 02-06-10/63435