Контракт заключается и оплачивается заказчиком по цене участника закупки, независимо от применяемой им системы налогообложения. Сумма, указанная в контракте за выполненный объем работ, должна быть уплачена участнику закупки, в установленном контрактом размере.
Законом не предусмотрена корректировка заказчиком цены контракта, предложенной юридическим лицом, применяющим УСН.
Организации и ИП, не являющиеся плательщиками НДС в связи с применением УСН, не должны составлять счета-фактуры при осуществлении операций по реализации товаров (работ, услуг). В случае выставления «упрощенцем» покупателю товаров (работ, услуг) счета-фактуры с выделением НДС сумма налога, указанная в этом счете-фактуре, подлежит уплате в бюджет в полном объеме (пп. 1 п. 5 ст. 173 НК РФ).
Таким образом, обязанность по уплате НДС в бюджет возлагается на исполнителя работ, применяющего УСН, только в случае выставления заказчику работ счета-фактуры с выделением суммы НДС.
Приказом Минстроя России от 23.12.2019 № 841/пр утверждена Методика составления сметы контракта, предметом которого являются строительство, реконструкция объектов капитального строительства, которая определяет общие правила составления сметы, в том числе в части сумм НДС.
Федеральный закон о контрактной системе не регулирует вопросы, связанные с документальным оформлением приемки выполненных работ, в частности с применением унифицированных форм КС-2, КС-3.
Под документом приемки понимается оформленный и подписанный заказчиком документ, в котором отражен факт хозяйственной жизни – приемка результатов исполнения контракта (отдельного этапа) и оплата их заказчиком.
 

Письмо Минфина России от 14.03.2023 № 24-06-06/21248